Bioinformatiker inom folkhälsa

Vi söker en erfaren bioinformatiker som ska utveckla, automatisera och produktionssätta bioinformatiska analysflöden. Du blir en del av bioinformatikteamet på Enheten för laboratorieutveckling och arbetar tvärvetenskapligt med utbrottsutredningar, mikrobiologisk övervakning och diagnostik. Vad ska du jobba med? En central del av rollen är att utveckla, implementera och förvalta den kod som krävs för att köra bioinformatiska analyser. Arbetet omfattar bland annat automatiserad beräkning och lagring, containerisering av applikationer samt utveckling och underhåll av system för analys av sekvensdata. Du automatiserar och kvalitetssäkrar lösningarna med fokus på driftsäkerhet, reproducerbarhet, skalbarhet och effektivitet. Du utreder behov och utformar, utvecklar och implementerar bioinformatiska analyser av data från bakterier, virus och parasiter. Analyserna används bland annat vid utredningar av misstänkta eller bekräftade utbrott samt inom mikrobiologisk övervakning och diagnostik. Du arbetar också med att strukturera, bearbeta och visualisera data och bidrar till utvecklingen av datadrivna arbetssätt inom myndigheten. Vidare samarbetar du nära med laboratoriepersonal, mikrobiologer, it-specialister, systemutvecklare och andra bioinformatiker. Tillsammans arbetar ni med utvecklingsprojekt, forskning och den dagliga verksamheten, där du bidrar med både bioinformatisk och teknisk kompetens. Vi arbetar agilt i tvärvetenskapliga team och bedriver verksamheten enligt ISO 15189 och ISO 27000-serien, med höga krav på kvalitet, informationssäkerhet och robusta arbetssätt. Hos oss får du möjlighet att kombinera bioinformatik och programmering med ett viktigt samhällsuppdrag, i en miljö som präglas av hög vetenskaplig och teknisk nivå. Utöver detta ingår även andra sedvanliga arbetsuppgifter för utredare på myndigheten. Vem söker vi? Krav för anställningen: Akademisk examen på minst kandidatnivå inom bioinformatik, mikrobiologi, molekylär bioteknik eller annat för tjänsten relevant område som myndigheten bedömer som relevant. Minst fem års samlad arbetslivserfarenhet inom bioinformatik, där hantering och analys av stora datamängder har varit en väsentlig del. Yrkesmässig erfarenhet av att utveckla bioinformatiska analyser eller analysflöden för biologiska data. Yrkesmässig erfarenhet av programmering i Python. Yrkesmässig erfarenhet av att automatisera och produktionssätta bioinformatiska analysflöden i Linuxbaserade miljöer. Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift. Mycket stor vikt läggs vid: Personliga egenskaper som god samarbetsförmåga, ansvarstagande, strukturerat arbetssätt och initiativförmåga. Du har ett helhetsperspektiv och ett gott bemötande. Gedigen erfarenhet av bioinformatisk analys av sekvenseringsdata (NGS), exempelvis inom mikrobiell genomik eller patogengenomik. Omfattande erfarenhet av att utveckla, validera och förvalta bioinformatiska analysflöden i produktion, med Nextflow eller motsvarande ramverk. Skick…